reti di laboratori - [agroalimentare] selge
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Rete regionale di laboratori per la selezione, caratterizzazione e
conservazione di germoplasma e per la prevenzione della diffusione di organismi
nocivi di rilevanza economica e da quarantena
(Progetto cod. 14 - SELGE)Coordinatore scientificoProf. Vito Nicola Savino – Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti – Università degli Studi di Bari Aldo Moro
Le unità di ricercaUnità di ricerca Responsabile
Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti – Sez. di Patologia vegetale - Università di Bari (UR1)
Prof. Francesco Faretra
Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti - Sez. di Genetica Agraria -Università di Bari (UR2)
Prof. Antonio Blanco
Dipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti Sez. Entomologia e Zoologia - Università di Bari (UR3)
Prof. Francesco Porcelli
Dipartimento di Informatica - Università di Bari (UR4)
Prof. Giuseppe Visaggio
Dipartimento di Scienze Agro-Ambientale, Chimica e Difesa Vegetale – Sezione Genetica Agraria - Università di Foggia- (UR5)
Prof.ssa Concetta Lotti
Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologico Ambientali – Laboratorio di Botanica - Università del Salento (UR6)
Prof. Giuseppe Dalessandro
Le unità di ricercaUnità di ricerca Responsabile
Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biologico Ambientali – Laboratorio di Fisiologia Vegetale - Università del Salento (UR 7)
Prof. Luigi De Bellis
Dipartimento di Scienze Agro-Ambientale, Chimica e Difesa Vegetale - Sezione Patologia Vegetale – Università di Foggia (UR8)
Prof. ssa Antonia Carlucci
Istituto di Virologia Vegetale – UOS di Bari - CNR (UR9)
Dott. Angelantonio Minafra
Istituto Agronomico Mediterraneo di Bari (UR10)
Dott. Michele Digiaro
Istituto per la Protezione delle Piante - UOS di Bari - CNR (UR11)
Dott. Sergio Molinari
Obiettivo della Rete• Il progetto si propone di raccordare, potenziare ed innovare i
laboratori istituzionalmente impegnati nelle attività di miglioramento genetico e diagnosi fitosanitaria presenti nel territorio regionale, al fine di sviluppare innovazioni tecnologiche nel campo della caratterizzazione varietale e del controllo degli organismi nocivi e da quarantena.
Settori di impatto
- Agroalimentare- Sostenibilità ambientale ed economica delle pratiche agricole e
vivaistiche
Domanda di innovazione del sistema produttivo
• Procedure rapide e ad elevata automazione per la identificazione di patogeni nei materiali di propagazione
Offerta tecnologica della Rete
• Disponibilità di protocolli di diagnosi fitosanitaria rapida ed automatizzata per casi di studio di particolare importanza
• Identificazione di agenti causali di importanti problematiche fitosanitarie ad eziologia ignota
• Impiego di tecniche di sequenziamento di ultima generazione per identificare nuove entità patogene associate a fitopatie
• Nuovi kit diagnostici (sierologici e molecolari)
• Sviluppo di nuovi marker per la diagnosi e la genotipizzazione di agenti fitopatogeni
Domanda di innovazione del sistema produttivo
• Selezione clonale e sanitaria di specie vegetali per l’immissione nei circuiti della certificazione fitosanitaria
Offerta tecnologica della Rete
• Protocolli per la produzione di fonti primarie o piante capostipiti da immettere nei sistemi di certificazione obbligatoria e/o volontaria
• Quarantena per l’introduzione da Paesi Terzi di materiali vegetali sottoposti a restrizione
• Strutture e competenze per il mantenimento
• Approcci innovativi nello studio delle interazioni pianta-patogeno anche finalizzati a migliorare la sostenibilità delle produzioni agrarie
• Esperimenti di “-omica” (genomica, trascrittomica, metagenomica, pangenomica, epigenomica, analisi del viroma) e consulenza bioinformatica
• Risanamento di materiale di propagazione mediante coltura in vitro e termoterapia
Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 1. Servizi di diagnostica fitopatologica avanzata
Risultati raggiunti: Definizione dello stato sanitario di materiali di propagazione di particolare pregio con tecniche innovative
Ricadute industriali Il protocollo ha ottenuto l’approvazione da parte della comunità scientifica internazionale con la pubblicazione su rivista scientifica con alto impact factor ed è pertanto disponibile per l’impiego immediato presso i laboratori fitopatologici pubblici e privati
Altri risultati
Imprese coinvolte Tipo di contatto Frequenza di contatto
Alsia Metaponto Comunicazioni ufficiali protocollate
3-4 per anno
CRSFA «Basile Caramia» – Laboratorio accreditato
Comunicazioni ufficiali protocollate
3-4 per anno
UR1 E UR9
• Esempio di procedura utilizzata per erogare servizi definiti e approvati in tariffario
RICHIESTA SERVIZIO DA PARTE DEL COMMITTENTE•Es. ricerca di organismi da quarantena•La richiesta è formulata utilizzando l’area contatti del sito•Il gestore UR1 informa il nodo erogatore del servizio
FORMULAZIONE OFFERTA•Il gestore UR1 formula l’offerta che è trasmessa al committente
ACCETTAZIONE DA PARTE DEL RICHIEDENTE•Il committente firma per accettazione l’offerta e rinvia al fornitore l’offerta firmata
ESECUZIONE DELL’ANALISI ED EMISSIONE RAPPORTO DI PROVA
TERMOCICLATORE REAL TIME UTILIZZATO PER SVILUPPARE ED APPLICARE PROTOCOLLI DI DIAGNOSI SIMULTANEA (6 PATOGENI MEDIANTE UN UNICO SAGGIO
Il protocollo adoperato è stato messo a punto con la strumentazione SELGE
LAVORO SVOLTO DA UR1 E UR9
Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 2. SUPPORTO AD ATTIVITA’ DI ALTRI CENTRI DI
RICERCA Risultati raggiunti: Fornitura di servizi avanzati di sequenziamento
• Servizio di sequenziamento di next-generation per la caratterizzazione della suscettibilità di genotipi di Prunus alle infezioni da PPV
• Caratterizzazione di nuove entità virali (o nuove varianti) mediante sequenziamento di next-generation su drupacee, fico e vite (dsRNA o smallRNA)
• Caratterizzazione di patotipi di Verticillium dahliae mediante analisi trascrittomica• Caratterizzazione di patotipi di genotipi di Pleurotus eryngii mediante analisi
trascrittomica
Imprese coinvolte Tipo di contatto Frequenza di contatto
CRA- PAV (Roma) Comunicazioni ufficiali protocollate
UNIBA Comunicazioni ufficiali protocollate
IAM-B (UR10; Valenzano) Comunicazioni ufficiali protocollate
Department of Virology (Praga, CZ Republic)
Comunicazioni ufficiali protocollate
Department of Genetic , Mendel University (Brno, CZ Rep)
Comunicazioni ufficiali protocollate
UR1 e UR9
Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 2. SUPPORTO AD ATTIVITA’ DI IMPRESE PRIVATE
Risultati raggiunti: Fornitura di servizi avanzati di sequenziamento
• Studio dell’attivazione dei meccanismi di difesa a seguito dell’impiego di induttori di resistenza
Imprese coinvolte Tipo di contatto Frequenza di contatto
Sumitomo Comunicazioni ufficiali protocollate
UR1 e UR9
Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO
FITOSANITARIO PER L’EMERGENZA XYLELLA FASTIDIOSA
Risultati raggiunti Identificazione e caratterizzazione preliminare del patogeno da quarantena X. fastidiosa su alberi di olivo affetti dal complesso del disseccamento rapido manifestatosi nel Salento (2013)
UR1, UR3, UR9 e UR10
Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ di SUPPORTO AL SERVIZIO
FITOSANITARIO PER L’EMERGENZA XYLELLA FASTIDIOSA
Risultati raggiunti : a) Identificazione e caratterizzazione preliminare del patogeno da quarantena X. fastidiosa su alberi di olivo affetti dal complesso del disseccamento rapido sviluppatosi nel Salento (2013); b) messa a punto e validazione del protocollo di diagnosi di X. Fastidiosa mediante ELISA e PCR;
UR1, U3, UR9 e UR10
Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO
FITOSANITARIO PER L’EMERGENZA XYLELLA FASTIDIOSA
Risultati raggiunti Identificazione di candidati vettori di Xylella fastidiosa
UR1, UR3, UR9 e UR10
Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO
FITOSANITARIO PER FITOFAGI ALIENIRisultati raggiunti Identificazione fitofagi da quarantena: Tuta absoluta, Scaphoideus titanus, Drosophila suzukii, Dryocosmus kuriphilus (in itinere)
UR3
Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO
FITOSANITARIO PER FITOFAGI ALIENIRisultati raggiunti Identificazione fitofagi da quarantena: Aleurocanthus spiniferus, Macrohomotoma gladiata, Phenacoccus defectus,
UR3
Le attività svolte al 31/12/2013Attività/progetto/servizio 3. ATTIVITA’ DI RICERCA E SUPPORTO AL SERVIZIO
FITOSANITARIO DI FITOFAGIRisultati raggiunti Identificazione artropodi da quarantena e qualità anche in altri paesi del Mediterraneo: Protopulvinaria pyriformis, Uroobovella marginata, Parapristina verticillata e Odontofroggatia galili
UR3
Attività/progetto/servizio 3. "Innovazione di prodotto: Passiflora e Solanum ornamentali per una filiera florovivaistica di qualità". Progetto MIPAAF OIGA
Risultati raggiunti: Fonti primarie di piante ornamentali (P. amethystina, P. antioquensis, P. caerulea, P. quadrangularis , P. racemosa, P. debby) conservate in serre a rete a prova d’insetto. Nell’ambito della valutazione dello stato sanitario delle piante di passiflora è stato identificato l’agente virale Turnip Mosaic Virus (TuMV) in P. amethystina, prima segnalazione su Passiflora spp.
Ricadute industriali Materiale di propagazione vegetale (talee), garantito sanitariamente, da mettere a disposizione nella filiera florovivaistica al fine di prevenire il rischio di diffusione di patogeni dannosi anche per altre specie coltivate di interesse economico, nel rispetto delle normative vigenti.
Impresa coinvolta Tipo di contatto Frequenza di contatto
Azienda florovivaistica “La Mediterranea” di Terlizzi
Azienda partner di progetto
UR1 E UR9
UR 2Attività/progetto/servizio 1. Servizi di tracciabilità agroalimentareRisultati raggiunti: Applicazione e messa a punto di protocolli basati sull’analisi del DNA per la tracciabilità e rintracciabilità alimentare
Ricadute industriali Il protocollo applicato alla tracciabilità della filiera viti-vinicola risulta innovativo e non presente nella recente letteratura scientifica.
Ricadute scientifiche E’ in corso la proposta del lavoro su rivista scientifica con alto impact factor.Il protocollo è disponibile per l’impiego immediato presso i laboratori della rete SELGE
Impresa coinvolta Tipo di contatto Frequenza di contatto
Pubblico Ministero della Procura di Bari
Consulenza tecnica
Il protocollo adoperato è stato messo a punto con la strumentazione SELGE
TERMOCICLATORE REAL TIME UTILIZZATO PER SVILUPPARE ED APPLICARE PROTOCOLLI DI HRM (High Resolution Melting) PER L’IDENTIFICAZIONE DI VARIETÀ DI VITE
Trebbiano
Regina dei Vigneti
Michele Palieri
Italia
Trebbiano
Regina dei Vigneti
Michele Palieri
Italia
Trebbiano
Regina dei Vigneti
Michele Palieri
Italia
Trebbiano
Regina dei Vigneti
Michele Palieri
Italia
Trebbiano
Regina dei Vigneti
Michele Palieri
Italia
Trebbiano
Regina dei Vigneti
Michele Palieri
Italia
Vantaggi dell’HRM E’ un metodo semplice, facile ed efficiente
Set-up dell’analisi in circa 2 ore
Non si usano sonde costose, ma intercalanti economici (Evagreen®)
Non si eseguono analisi Post-PCR (es. sequenziamento)
Sensibilità e specificità
Economico rispetto ad altre metodologie (es. Sequenziamento)
Alcune immagini delle sperimentazioni applicative
Analisi al microscopio a fluorescenza confocale di due varietà di pomodoro frigoconservate per la stabilità di metaboliti nutraceutici
Identificazione cromatografica di metaboliti secondari
Apice vegetativo di drupacea incluso in microperla di alginato per la crioconservazione di germoplasma
a b
c d
Alcune delle attività promozionali svolte• UR2: Seminario “Sviluppo ed applicazione di protocolli per la certificazione dell’autenticità e
tracciabilità di prodotti tipici pugliesi”, Fondazione Cassa di Risparmio di Puglia, 6 Luglio 2013 • UR6 e 7: Workshop “La rete scientifica a servizio dell’agroalimentare salentino”, Rettorato
Università del Salento, Lecce, 22 Marzo 2013 • UR11: Presentazione delle attività della Rete al convegno: "LA DIFESA CON METODI SOSTENIBILI
DELLE CULTIVAR LOCALI DI POMODORO REGINA E FIASCHETTO E LORO VALORIZZAZIONE PRODUTTIVA”, Ostuni, febbraio 2013
• UR1, 3, 9, 10, 11: Corso di "AGGIORNAMENTO PER IL MONITORAGGIO DI ORGANISMI DA QUARANTENA”, CRSFA "Basile Caramia", Locorotondo (BA), 22-23 aprile 2013
• UR1 e 9: Presentazione Rete SELGE alla Prima Giornata della Bioinformatica Pugliese, 5 dicembre 2013, http://www.ba.itb.cnr.it/bip-day/news/
Presentazione Rete SELGE 1. Forum Regionale ARPTRA di Medicina vegetale, Bari, dicembre 20112. Agrifood Innovation day , Palazzo Ateneo, Università di Bari, 26 ottobre 20123. SMART Puglia, Fiera del Levante, Bari, febbraio 2013 4. Convegno Nazionale Società di Patologia Vegetale, 2011, 20125. Allestimento e disseminazione di materiale illustrativo dei servizi della Rete SELGE6. Sito Web
Divulgazione: UR1 e UR9
PROTEZIONE DELLE COLTURE: Rivista scientifica di patologia vegetale, entomologia agraria e diserbo delle colture
Alcuni esempi di divulgazione generale della Rete
e dei suoi servizi
Alcuni esempi di divulgazione generale della Rete
e dei suoi servizi
Sito web della Rete: http://www.selge.uniba.it/
Attività programmate:
• Nell’ambito di progetti di ricerca (es. – Recupero Germoplasma Frutticolo Pugliese - Re.Ge.Fru.P.; Recupero Germoplasma Viticolo Pugliese - Re.Ge.Vi.P.; Recupero del Germoplasma Olivicolo Pugliese - Re.Ger.O.P.; Recupero, caratterizzazione, salvaguardia e valorizzazione di leguminose e cereali da granella e foraggio in Puglia - Sa.Ve.GraINPuglia; PRIN MIUR)
• Collaborazioni di ricerca con istituzioni nazionale e internazionali• Servizi a Enti e imprese: diagnosi e caratterizzazione varietale
Contatti
www.selge.uniba.itDipartimento di Scienze del Suolo, della Pianta e degli Alimenti Sezione Patologia vegetaleUniversità di BariVia Amendola, 165/A, 70125 BariTel. 080 5442910; 080 5443065E-mail: [email protected]