un tool per la visualizzazione e l'analisi di reti biologiche e sociali
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Fabio RinnoneMatricola 667/001087
Università di CataniaFacoltà di SS. MM. FF. NN.
Dipartimento di Matematica e InformaticaCorso di Laurea di Primo Livello in Informatica
Relatore: Prof.ssa GiugnoCorrelatore: Dott. Pigola
Un tool per la visualizzazionee l'analisi direti biologiche e sociali
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Graphtool
Visualizzazione ed analisi di retiReti Sociali
Reti Biologiche
Resource Description FrameworkSviluppato in linguaggio Java
Portabilità
Estendibilità
JUNGJava Universal Network/Graph Framework
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Interfaccia utente
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Resource Description Framework
Standard proposto da W3CDescrizione/modellazione di risorse disponibili nel WebRisorse identificate tramite URI
StatementsTriple subject predicate objectLiteralsURIBlank Nodes
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Resource Description Framework
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Sintassi per RDF
RDF/XMLNotazione basata su XMLBlank Node IdentifierTyped Literals/Plain Literals
Notation3Notazione testualeFormato compatto e leggibileMaggiore espressività rispetto a RDF/XML
Altre notazioniN-TriplesTurtleTriGTriX
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Centralità: esempio
Classe di 30 studenti che devono eleggere il proprio rappresentante
Si costruisce la rete che rappresenta i risultati delle votazioni
Uno studente è più centrale se più studenti lo hanno votatoMisura dipendente dal numero di archi entranti
Indegree centrality
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Degree Centrality
Misura calcolata in funzione del grado (degree) di un vertice
Inoutdegree
Indegree
Outdegree
Usata per network statistiche
Misura locale
Dipende solo dai nodi vicini
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Closeness Centrality
Trovare la posizione ottimale per un centro commercialeMinimizzare la distanza totale dai clientiOttimizzazione dello spostamento dei clienti
Trovare i vertici con minima distanza totale
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Centralità
Betwenness Centrality
Barycenter
Centralità orientate al Web
Page Rank
Hub & Authority
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Subgraph Matching
Ricerca di sottostrutture all'interno di un grafo
Problema NP-Completo
Algoritmo VF2 modificato
query target
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Proprietà delle Query
Self-loops
Archi multipli
Network labeled/not labeled
Network directed/not directed
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Tipi di Query
Query esatte
Query approssimate
NODO
ARCO
LABELED
UNLABELED
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Motifs
Feed-Forward Loop
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Match totali e distinti
Due match sono distinti se sono diversi in almeno un nodo
query target
match 1match 1match 2match 2
Trovati 2 match totali
Trovati 1 match distinto
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Match statisticamente significativiMatch statisticamente significativi
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Motif verification
È possibile generare reti casuali con le stesse caratteristiche della rete input
Numero di vertici
Numero di archi
Grado dei vertici
Scambio degli archiDefault: 100 switch/edge
Generazione di network casualiDefault: 100 network
Calcolo del numero di occorrenze della query in ogni networkCalcolo di alcuni indici statistici
E-Value/Z-Score
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Ringrazamenti
Prof.ssa Giugno
Dott. Pigola
La mia famiglia
I miei amici