Download - Crescita batterica Identificazione batterica
![Page 1: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/1.jpg)
Crescita battericaIdentificazione batterica
G I O VA N N I D I B O N AV E N T U R A
C I « M I C R O B I O L O G I A E M I C R O B I O L O G I A C L I N I C A »
C D S M E D I C I N A E C H I R U R G I A
U N I V E R S I TÀ “ G . D ’A N N U N Z I O ”, C H I E T I - P E S C A R A
A A 2 0 1 9 - 2 0 2 0
![Page 2: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/2.jpg)
Terreni di colturaTerreno di coltura: mezzo nel quale o sul quale può avvenire lo sviluppo e la crescita in vitro di un microrganismo
Caratteristiche:
▪ concentrazione adatta di nutrienti per la crescita batterica
▪ adeguato grado di umidità
▪ reazione (pH) adatta
▪ sterile e protetto da qualsiasi inquinamento
![Page 3: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/3.jpg)
Terreni di colturaContenuto qualitativo
▪ Peptoni: insieme di composti idrosolubili, ottenuti per idrolisi (acida od enzimatica) delle proteine (caseina, soja, ecc.)
▪ NaCl: aggiunto in concentrazioni adeguate per le necessità osmotiche richieste, in vivo, da alcuni microrganismi parassiti
▪ Zuccheri: glucosio, lattosio, mannite, aggiunti per scopi specifici in terreni particolari
▪ Estratti di lievito, carne, d’organo: forniscono fattori di crescita e sali inorganici
▪ Arricchimenti: sangue lisato, emoglobina, latte disidratato, gelatina vitamine; necessari per la crescita di batteri più “esigenti” dal punto di vista nutrizionale
▪ Supplementi selettivi: specifici (antibiotici) od a spettro meno definito (sali biliari, cristalvioletto, sodio-azide)
▪ Indicatori: coloranti (fenolo, blu di bromo fenolo, rosso fenolo, verde di bromo cresolo, ecc.); a valori critici di pH del terreno ne causano il viraggio, fornendo in tal modo informazioni sul metabolismo fermentativo del batterio
![Page 4: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/4.jpg)
Terreni di colturaClassificazione
In base allo stato fisico:
▪ Terreni LIQUIDI (brodi): componenti sciolti in acqua e sterilizzati.
▪ Terreni SOLIDI: possono essere naturalmente tali (terreno alla patata) o vengono solidificati per aggiunta di un agente gelificante (agar, gelatina, silica-gel)
In base alla composizione chimica:
▪ Terreni MINIMI: per la crescita dei soli batteri autotrofi; gli elementi essenziali (N, C, S, P) sono presenti come sali inorganici in composizione e quantità note.
▪ Terreni SINTETICI (o Definiti): nota la formulazione chimica di ogni ingrediente; le singole sostanze di cui il batterio necessita sono presenti in quantità note.
▪ Terreni COMPLESSI: non è nota l’esatta composizione chimica; comprendono la maggior parte dei terreni usati in laboratorio (estratto di carne di bue, cuore, cervello, ecc.).
![Page 5: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/5.jpg)
Terreni di colturaClassificazione
In base alla funzione:
▪ Terreni di ARRICCHIMENTO (o ELETTIVI): la specie microbica di interesse vi cresce in un tempo assai più breve rispetto ad altre specie microbiche.
▪ Terreni SELETTIVI: contengono sostanze batteriostatiche (sali biliari, tellurito di K, NaCl, azide sodica, cetrimide, cristalvioletto, antibiotici) a concentrazione nota che inibiscono o rallentano lo sviluppo di molte specie microbiche, ma non di quella(e) di interesse; utilizzati per l’isolamento di specifici microrganismi da campioni altamente contaminati (es. feci, espettorato).
▪ Terreni DIFFERENZIALI: contengono sostanze indicatrici di particolari reazioni biochimiche che avvengono nel terreno stesso; usati per la identificazione di specifici microrganismi.
![Page 6: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/6.jpg)
Terreni di colturaPreparazione
1. Pesata degli ingredienti
2. Dissoluzione in acqua degli ingredienti
3. Correzione del pH al valore desiderato
4. Sterilizzazione terreni (calore umido: agar e brodi; filtrazione: brodi)
5. Distribuzione in capsule di Petri (terreni solidi) o provette (terreni liquidi)
6. Controllo della sterilità
![Page 7: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/7.jpg)
Terreni di colturaTecniche di semina
Semina per isolamento
▪ Tecnica più frequentemente utilizzata per ottenere la crescita di colonie separate, a partire da brodocoltura o crescita su agar.
▪ Mediante utilizzo di un'ansa sterile si esegue una serie di semine in differenti aree della superficie dell’agar, in modo da separare le singole cellule.
![Page 8: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/8.jpg)
Terreni di colturaTecniche di semina per isolamento
![Page 9: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/9.jpg)
Terreni di colturaTecniche di semina
Semina per inclusione
▪ Agevola la conta delle colonie batteriche.
▪ La sospensione batterica viene miscelata, in una capsula Petri sterile, al terreno agarizzato allo stato liquido che, raffreddandosi, successivamente gelificherà.
▪ Solitamente, l’agar si cimenta con differenti diluizioni, in soluzione fisiologica (NaCl 0.9%) sterile, del campione.
![Page 10: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/10.jpg)
Terreni di colturaTecniche di semina
Semina per infissione
▪ Mediante un ago da inoculo, il campione viene seminato nello spessore del terreno agarizzato.
▪ Consente di valutare il rapporto del metabolismo batterico con O2 sulla base della altezza in cui si osserva crescita: nella parte alta (AEROBIO), sul fondo (ANAEROBIO), diffusa (ANAEROBIO FACOLTATIVO).
▪ Consente di valutare la motilità del microrganismo: se la crescita è diffusa, il batterio possiede flagelli.
▪ Consente di valutare specifiche attività enzimatiche: proteasi, ureasi, produzione indolo
![Page 11: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/11.jpg)
Terreni di colturaUtilizzo in Microbiologia diagnostica
Agar sangue
▪ Non selettivo; la presenza di sangue (montone, cavallo) consente la crescita di gran parte dei batteri. Utile per la evidenziazione della emolisi (S. aureus, streptococchi emolitici).
Cetrimide Agar
▪ Selettivo per l’isolamento e l’identificazione presuntiva di P. aeruginosa. Magnesio cloruro e potassio solfato stimolano la produzione di pigmento. La presenza di cetrimide, composto ammonio quaternario verso cui P. aeruginosa è resistente, inibisce la crescita di gran parte dei microrganismi.
![Page 12: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/12.jpg)
Terreni di colturaUtilizzo in Microbiologia diagnostica
Hektoen Enteric Agar
▪ differenziale e selettivo per Salmonella e Shigella dalle
altre Enterobacteriaceae in campioni enterici. I sali biliari
inibiscono la crescita della normale flora Gram+. Presenza
di tiosolfato (fonte di S) e sali di ferro (citrato ammonio
ferrico) per evidenziare la produzione di H2S (colonie
nerastre, Salmonella)
MacConkey agar
▪ selettivo per coliformi ed enterobatteri (Escherichia coli,
Klebsiella spp, Salmonella spp, Shigella spp). Cristalvioletto
e sali biliari inibiscono la crescita di Gram+. Il lattosio
evidenzia la capacità fermentante: colonie fermentanti
lac+ (Klebsiella, E. coli, Enterobacter aerogenes) appaiono
di rosa acceso, incolori quelle non fermentanti lac-
(Salmonella, Shigella, Proteus, Serratia, P. aeruginosa).
Salmonella typhimurium Shigella flexneri
![Page 13: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/13.jpg)
Terreni di colturaUtilizzo in Microbiologia diagnostica
Mannitol Salt Agar
▪ selettivo e differenziale per stafilococchi; elevata [NaCl] inibisce crescita di altri batteri; sistema fermentante: mannitolo e rosso fenolo (indicatore pH); S. aureus,fermentante, produce colonie con alone giallo-brillante, mentre stafilococchi coagulasi-negativi (es. S. epidermidis), non fermentanti, formano colonie rosso porpora
Salmonella-Shigella Agar (SS Agar)
▪ selettivo e differenziale per Salmonella e Shigella; sodio citrato, sali biliari e verde brillante inibiscono la crescita di Gram+ e alcuni enterobatteri; sistema fermentante: lattosio e rosso neutro; Proteus e Salmonella presentano colonie con centro nero, dovuto alla precipitazione del ferro solfuro, indotta dalla produzione di H2S a partire da sodio tiosolfato presente nel terreno
![Page 14: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/14.jpg)
Terreni «dedicati»Isolamento di agenti eziologici poco frequenti
Campione Diagnosi presuntiva Batteri patogeni Terreni per l'isolamento
Feci Colera Vibrio choleraeVibrio parahaemolyticus
Acqua peptonata alcalina
Faringe Infiammazione ostruttiva epiglottide e faringe
Faringite membranosa
Haemophilus influenzae
Corynebacterium diphteriae
Agar sangue cioccolatoAgar Casman
Agar LoefflerAgar TinsdaleTerreno al tellurito di sodio
Tampone rinofaringeo
Pertosse Bordetella pertussis Bordet-Gengou
Escreato Tubercolosi
Micosi polmonare
Mycobacterium tuberculosis
Blastomyces dermatitidis
Lowenstein-JensenMiddlebrook 7H-11
Brain-heart Infusion agarUrina Leptospirosi Leptospira spp. Semisolido di Fletcher
Sangue, midollo osseo o biopsia
Brucellosi Brucella spp. Agar brucella
![Page 15: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/15.jpg)
Terreni «dedicati»Isolamento di anaerobi ed «esigenti»
Terreno Scopo
Agar sangue Terreno in piastra non selettivo di uso generale
Agar cioccolato Utilizzato principalmente per l'isolamento di Haemophilus e Neisseria; usato anche per l'isolamento di anaerobi esigenti
Agar MacConkey Isolamento di bacilli Gram- aerobi ed anaerobi facoltativi
Agar sangue feniletil alcool Isolamento cocchi Gram+ anerobi facoltativi ed anaerobi obbligati Gram+ e Gram-
Terreno al tioglicolato + emina + vitamina K1
Brodo di arricchimento utilizzato per arricchire i terreni in piastra particolarmente se il campione è scarso
Terreno di Thayer-Martin modificato Impiegato per arricchire i terreni per anaerobi quando si sopetta nel campione la presenza di Neisseria gonorrhoeae o N. meningitidis
Agar sangue kanamicina-vancomicina Isolamento selettivo di bacilli anaerobi Gram-
![Page 16: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/16.jpg)
Crescita battericaDefinizioni
Crescita vs Tolleranza
▪ la crescita presuppone attiva divisione cellulare (riproduzione) e, quindi, aumento di biomassa; si usa il suffisso “-fili”
▪ in condizioni non permissive per la crescita, alcuni microrganismi possonosopravvivere ma non riprodursi, si usa il suffisso “-tollerante”
Esempio:
- un batterio “termofilo” cresce in presenza di elevate temperature
- un batterio “termotollerante” sopravvive ad elevate temperature, ma cresce a temperature inferiori
Obbligato (stretto) vs facoltativo
▪ “obbligato” (o “stretto”): una data condizione è necessaria per la crescita
▪ “facoltativo”: il microrganismo può crescere in quella condizione, sebbene non necessaria; viene spesso usato in presenza di condizioni sub-ottimali
Esempio:
- un “termofilo obbligato” necessita di elevate temperature per la sua crescita
- un “termofilo facoltativo” può crescere sia ad alte che basse temperature
![Page 17: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/17.jpg)
Crescita battericaTemperatura
La maggior parte dei batteri cresce in un intervallo termico di circa 30°C, esibendo la massima velocità di crescita ad un certo “optimum termico”
▪ Psicrofili: crescono nel range 0 20 °C (Listeria monocitogenes; Flavobacterium)
▪ Mesofili: crescono nel range 10 - 50 °C (maggior parte dei batteri)
▪ Termofili: crescono nel range 40 - 75 °C (Bacillus stearotermophilus)
▪ Ipertermofili: crescono nel range 65 - 110 °C (Pyrodictium brockii)
La febbre rappresenta un efficace mezzo di difesa contro le infezioni
![Page 18: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/18.jpg)
Crescita battericapH
La maggior parte dei batteri cresce a valori di pH compresi tra 6 ed 8, esibendo la massima velocità di crescita ad un certo “optimum di pH”:
▪ Acidofili: crescono al di sotto di pH 6 (pH 2-6, generalmente); funghi e lieviti più tolleranti vs batteri (pH 5-6).
▪ Neutrofili: crescono a pH 6-8 (la maggior parte dei batteri).
▪ Alcalofili: crescono a pH > 8 (pH 8-9.5, generalmente).
I lattobacilli acidificano la mucosa vaginale, proteggendola dalle infezioni da parte di saprofiti (Escherichia coli, Streptococcus, Candida)
![Page 19: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/19.jpg)
Crescita battericaAttività dell’acqua e pressione osmotica
Attività dell’acqua: indice relativo alla quantità d'acqua che, in un determinato prodotto, è libera da particolari legami con altri componenti; espressa in un valore adimensionale compreso tra 0 e 1
![Page 20: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/20.jpg)
Crescita battericaAlofilia
Alofili:
▪ crescono ad elevate concentrazioni saline (generalmente 1 M), sopportandoelevate pressioni osmotiche e bassa aw;
▪ microrganismi alotolleranti (1-6% NaCl), alofili (6-15% NaCl), alofili estremi (15-30% NaCl)
▪ queste condizioni sono incompatibili con la vita di gran parte dei microrganismi
Gli stafilococchi sono, tra i microrganismi clinicamente rilevanti, gli alofili per eccellenza
![Page 21: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/21.jpg)
Crescita battericaO2
▪ Aerobi obbligati: crescono soltanto in presenza di O2 (M. tuberculosis, N. gonorrheae)
▪ Anaerobi obbligati: crescono in assenza di O2 (Bacteroides spp, Clostridium spp)
▪ Anaerobi facoltativi: crescita ottimale in presenza di O2, sebbene crescano anche in assenza (stafilococchi, Enterobacteriaceae).
▪ Anaerobi aerotolleranti: non usano O2, ma crescono anche in sua presenza (C. jejuni).
▪ Microaerofili: crescono in presenza di (O2 5%, CO2 10%, N2 85%) (H. pylori).
La dipendenza della crescita batterica dal livello di O2 contribuisce a stabilire il tropismo di una specie batterica, ossia la tendenza a colonizzare siti peculiari dell’ospite.
![Page 22: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/22.jpg)
Cappa (camera) per anaerobiosi
Crescita battericaAtmosfera «controllata»: anaerobiosi
Giara per anaerobiosi
![Page 23: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/23.jpg)
Sistemi per generazione di carbossifilia(5% O2, 10% CO2, 85% N2)
Crescita battericaAtmosfera «controllata»: carbossifilia
![Page 24: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/24.jpg)
Identificazione dei microrganismi1. Caratteristiche microscopiche (morfologia, organizzazione)
▪ Colorazione di Gram
▪ Colorazione di Ziehl-Neelsen
2. Caratteristiche macroscopiche (colturali) ▪ tipo (aspetto) coloniale
▪ emolisi, viraggio terreno, sciamaggio (motilità), etc.
▪ crescita su terreni selettivi
3. Caratteristiche biochimiche
4. Caratteristiche antigeniche (ID sierologica)
5. Identificazione genotipica (molecolare)
6. Tipizzazione fagica
![Page 25: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/25.jpg)
ID dei microrganismi Aspetto macroscopico delle colonie
Rilievo
Forma
Superficie
Margine
![Page 26: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/26.jpg)
ID dei microrganismiAspetti macroscopici: emolisi
Staphylococcus aureusStreptococcus pyogenes
Emolisi completa (β-emolisi)
Emolisi: importante criterio distintivo per gli streptococchi.
Tre tipologie di emolisi:α, emolisi incompletaβ, emolisi completa, assenza di emolisi
![Page 27: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/27.jpg)
ID dei microrganismiAspetti macroscopici: fermentazione
Agar sale-mannite
A) Il mannitolo non viene fermentato da S. epidermidis; il terreno non vira.
B) Fermentazione del mannitolo ad opera di S. aureus; il terreno vira al giallo.
A B
![Page 28: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/28.jpg)
ID dei microrganismiAspetti macroscopici: sciamaggio
Proteus mirabilis. Il batterio si muove grazie ai numerosi flagelli disposti alla superficie cellulare (peritrico), formando «fronti» concentrici (sciamaggio).
![Page 29: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/29.jpg)
Identificazione dei microrganismi1. Caratteristiche microscopiche (morfologia, organizzazione)
▪ Colorazione di Gram
▪ Colorazione di Ziehl-Neelsen
2. Caratteristiche macroscopiche (colturali) ▪ tipo (aspetto) coloniale
▪ emolisi, viraggio terreno, sciamaggio (motilità), etc.
▪ crescita su terreni selettivi
3. Caratteristiche biochimiche
4. Caratteristiche antigeniche (ID sierologica)
5. Identificazione genotipica (molecolare)
6. Tipizzazione fagica
![Page 30: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/30.jpg)
ID dei microrganismiCaratteristiche biochimiche
Enterobacteriaceae, in particolare:
▪ capacità di utilizzare determinati substrati come unica fonte di carbonio
• acidi organici o loro sali (acetato, citrato, malonato) + indicatore pH
▪ presenza di particolari enzimi
• ureasi, lisina- ornitina-decarbossilasi, arginina-diidrolasi, beta-galattosidasi
▪ produzione di specifici prodotti metabolici terminali
• H2S, indolo, acetoino (reazione di Voges-Proskauer)
▪ capacità di fermentare particolari zuccheri (O-F test)
• 1% carboidrato + indicatore pH + campanella di Durhan (produzione di gas)
![Page 31: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/31.jpg)
API (bioMérieux) Identification System
ID dei microrganismiCaratteristiche biochimiche
Lettura ed interpretazione del test in ciascun pozzetto:▪ Giallo: reazione non avvenuta; no viraggio▪ Viola: reazione avvenuta, come indicata dal viraggio
![Page 32: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/32.jpg)
Identificazione dei microrganismi1. Caratteristiche microscopiche (morfologia, organizzazione)
▪ Colorazione di Gram
▪ Colorazione di Ziehl-Neelsen
2. Caratteristiche macroscopiche (colturali) ▪ tipo (aspetto) coloniale
▪ emolisi, viraggio terreno, sciamaggio (motilità), etc.
▪ crescita su terreni selettivi
3. Caratteristiche biochimiche
4. Caratteristiche antigeniche (ID sierologica)
5. Identificazione genotipica (molecolare)
6. Tipizzazione fagica
![Page 33: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/33.jpg)
ID dei microrganismiCaratteristiche antigeniche
La ricerca antigenica mira alla tipizzazione specifica (definizione di specie) e/o intra-specifica (tipi sierologici o sierotipi appartenenti alla stessa specie).
La ricerca di Ag specifici avviene generalmente mediante utilizzo di Ab specifici.
Esempio: utilizzo di antisieri (Ab specifici) per reazione di agglutinazione:
▪ colonia stemperata in NaCl + antisiero specifico
▪ reazione positiva: agglutinazione dei microrganismi
Utilizzo di sferule di latex quali «carrier» di Ag o Ab (reazione macroscopica di agglutinazione).
Utilizzo di Abs specifici per la ricerca microscopica(immunofluorescenza)
![Page 34: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/34.jpg)
Identificazione dei microrganismi1. Caratteristiche microscopiche (morfologia, organizzazione)
▪ Colorazione di Gram
▪ Colorazione di Ziehl-Neelsen
2. Caratteristiche macroscopiche (colturali) ▪ tipo (aspetto) coloniale
▪ emolisi, viraggio terreno, sciamaggio (motilità), etc.
▪ crescita su terreni selettivi
3. Caratteristiche biochimiche
4. Caratteristiche antigeniche (ID sierologica)
5. Identificazione genotipica
6. Tipizzazione fagica
![Page 35: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/35.jpg)
ID dei microrganismiIdentificazione molecolare
Polymerase Chain Reaction (PCR)
▪ amplificazione di sequenze “bersaglio”, specifiche per il genere, la specie o lo stipite batterico
▪ elevata sensibilità (necessarie poche copie del target di partenza) e specificità
▪ sequenziamento genico (genotipizzazione)
RNA ribosomale
▪ grandi quantità di rRNA altamente conservate in specie differenti.
▪ presenza di sequenze di rRNA “specifiche” per specie e tipo. Il grado di differenza in rRNA di due batteri è funzione diretta della «vicinanza» filogenetica: piccole differenze sono suggestive per una “vicinanza” tra le specie, mentre grandi differenze indicano una distanza maggiore.
▪ l’individuazione di un pattern in rRNA che non trovi riscontro in nessuna altra sequenza nota, indica la scoperta di una nuova specie.
![Page 36: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/36.jpg)
ID dei microrganismiIdentificazione molecolare: PCR
Agarose gel electrophoresis of the PCR products for detection of bacteria. Line M: 100 bp DNA ladder. Lines 1-5: Nitrosomonas sp., Pseudomonas sp., Proteusinconstans , Pseudomonas fluorescence, Pseudomonas aeruginosa; Line 6: negative control without DNA.
![Page 37: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/37.jpg)
ID dei microrganismiTipizzazione fagica
Nell’ambito di una stessa specie possiamo rinvenire differenti ceppi batterici (sottospecie o tipi), ciascuno caratterizzato da un peculiare grado di virulenza.
E’ possibile utilizzare la tecnica della tipizzazione fagica sia a fini identificativi (tipo fagico) che epidemiologici (studio della circolazione dei ceppi sul territorio, studio delle modalità di diffusione dell’infezione).
Questo è il caso, ad esempio, di S. aureus:
▪ estremamente sensibile a numerosi (almeno 20) fagi litici
▪ la sensibilità non è uniforme (ceppo-specifica) e, pertanto, consente la individuazione di differenti “tipi fagici” sulla base dello spettro di sensibilità
![Page 38: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/38.jpg)
ID dei microrganismiTipizzazione fagica: S. aureus
Tipizzazione di S. aureus
![Page 39: Crescita batterica Identificazione batterica](https://reader030.vdocumenti.com/reader030/viewer/2022012023/6169cb9011a7b741a34b71d7/html5/thumbnails/39.jpg)
Questo materiale non può essere distribuito, modificato o pubblicato né in forma cartacea, né su un sito, né utilizzato per motivi pubblici o commerciali.
E’ possibile utilizzare il materiale solo per motivi personali e non commerciali, purché ogni copia di questo materiale preservi tutti i diritti di copyright e di proprietà intellettuale, sempre a seguito di formale richiesta rivolta all’Autore (Prof. Giovanni Di Bonaventura; [email protected])